泛基因组包括核心基因组 (Core genome) 和非必须基因组 (Dispensable genome)。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与样本对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了样本的特性。