技术介绍
针对研究的目标性状，选择表型极端差异的亲本构建遗传群体或家系。利用混池分组分析法（Bulk Segregant Analysis-BSA），对该家系目标性状表型极端的子代分别混合成的两个样本混池进行测序，同时对亲本进行测序，检测与性状相关联的位点并注释，研究基因控制目标性状的机制。
样本要求：DNA样品总量≥1.4ug
测序平台及策略：两个亲本测序最低10X，子代20-50混池，平均每个个体测序1X；
项目周期：40天
技术路线：
分析内容：
与参考基因组比对:比对率和覆盖度分析
SNP、InDel检测及注释:开发SNP、InDel标记
子代SNP、InDel频率差异分析:寻找有差异的SNP、InDel位点
目标性状区域定位:找到与目标性状关联的区域
候选基因提取和功能注释：获得候选基因及基因功能
案例分析
QTL-seq:rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations
The plant journal, IF=5.972，2013
WG-BSA挖掘水稻多个重要数量性状相关QTL区域- F2，RIL家系群体
材料与方法：20-50株极端性状F2、RILs的个体混合成DNA池重测序+亲本重测序，根据SNP频率差异定位了与水稻真菌的抗性、种子活力性状相关的QTL区域
文章思路：
1、定位到2个区域：1个位于3号染色体36.21 Mb -37.31 Mb区域，另一个位于1号染色体39.08 Mb-41.08 Mb区域；
2、 第一个就是作者之前定位到的一个主效QTL, qPHS3-2；第二个是一个微效QTL，qPHS-1
3、利用F2群体，用BSA的方法，同样能达到用RIL群体，传统方法定位QTL的目的。
常见问题
1. 研究对象？
有参考基因组序列的物种的作图群体（F1、F2、RIL、DH和BC1等），
2.研究方法？
对亲本进行个体重测序，对某个性状极端材料混池测序，检测SNP，获得与性状紧密关联的分子标记和精细定位区域
3.计算参数？
SNP-Index
4.适用群体？
突变体(F2群体)；
QTL定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；
质量性状定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；
5.混池建议？
表型数据准确，质量性状： 例如群体大小为200个体，按照3:1的分离比，那么个体比例为150:50，则选取50+50混池测序；
数量性状：例如群体大小为400个体，选取极端的5-10%个体，则选取20+20混池测序；