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全长转录组测序

二代测序无法准确获得基因完整的5’UTR区和3’UTR区。基于PacBio三代测序读长长的优势，mRNA序列无需打断即可测通，获得全长转录本，提供精确的可变剪接和转录起始位点信息，准确分辨同源异构体，同源基因，家族基因和等位基因，为下游分子克隆实验提供极佳序列文库。对于特异种质资源，可以发现鉴定新基因。

2016 - 11 - 08
真核转录组测序

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。一般如不特殊说明，转录组测序指的是狭义转录组测序。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。

2016 - 10 - 28
BSA性状定位

技术介绍针对研究的目标性状，选择表型极端差异的亲本构建遗传群体或家系。利用混池分组分析法（Bulk Segregant Analysis-BSA），对该家系目标性状表型极端的子代分别混合成的两个样本混池进行测序，同时对亲本进行测序，检测与性状相关联的位点并注释，研究基因控制目标性状的机制。样本要求：DNA样品总量≥1.4ug测序平台及策略：两个亲本测序最低10X，子代20-50混池，平均每个个体测序1X；项目周期：40天技术路线：分析内容：与参考基因组比对:比对率和覆盖度分析SNP、InDel检测及注释:开发SNP、InDel标记子代SNP、InDel频率差异分析:寻找有差异的SNP、InDel位点目标性状区域定位:找到与目标性状关联的区域候选基因提取和功能注释：获得候选基因及基因功能案例分析QTL-seq:rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populationsThe plant journal, IF=5.972，2013WG-BSA挖掘水稻多个重要数量性状相关QTL区域- F2，RIL家系群体材料与方法：20-50株极端性状F2、RILs的个体混合成DNA池重测序+亲本重测序，根据SNP频率差异定位了与水稻真菌的抗性、种子活力性状相关的QTL区域文章思路：1、定位到2个区域：1个位于3号染色体36.21 Mb -37.31 Mb区域，另一个位于1号染色体39.08 Mb-41.08 Mb区域；2、第一个就是作者之前定位到的一个主效QTL, qPHS3-2；第二个是一个微效QTL，qPHS-13、利用F2群体，用BSA的方法，同样能达到用RIL群体，传统方法定位QTL的目的。常见问题1. 研究对象？有参考基因组序列的物种的作图群体（F1、F2、RIL、DH和BC1等），2.研究方法？对亲本进行个体重测序，对某个性状极端材料混池测序，检测SNP，获得与性状紧密关联的分子标记和精细定位区域3.计算参数？SNP-Index4.适用群体？突变体(F2群体)；QTL定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；质量性状定位(F1, F2, RIL,DH, BC1)；5....

2016 - 10 - 27
变异检测

技术介绍利用全基因组重测序或简化测序技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，可获得SNP、InDel、SV、CNV等大量的遗传多态性信息，建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等奠定基础。样本要求：基于全基因组分析DNA样品总量≥1.4ug,基于简化基因组分析DNA样品总量≥500ng项目周期：40天测序平台及策略：Hiseq PE150技术路线：分析内容：SNP／InDel≥10XSV≥20X、CNV≥30X Tag数≥10万平均8X/Tag与参考基因组比对 SNP、InDel、SV、CNV 检测、注释及统计GBS Tag聚类案例分析Identifying the Genome-Wide Sequence Variations and Developing New Molecular Markers for Genetics Research by Re-Sequencing a Landrace Cultivar of Foxtail Millet.Plos One，IF=3.534，2013.09基于全基因组重测序进行谷子变异检测研究材料：一种重要的谷子地方品种Shi-Li-Xiang,以及另外一混合460个体的品种Yu-Gu1，F2被用来作图谱分析研究方法：双末端测序后，与两版谷子参考基因组分别进行比对在两个谷子品种中的第九条染色体上的SNP和SV分布情况研究结果：发现40%的SNP存在于NB-ARC结构域、蛋白激酶或富含亮氨酸重复序列中。非同义突变与同义突变的SNP比例很高，与水稻、高粱等物种一致，说明植物抗病蛋白的分化也许是由病原菌的进化压力导致的。在SLX和Yugu1两个品种中，具有多态性标记的465个SNPs和146Vs准确性在90%以上，可以作为DNA标记进行全基因组分型和分子标记辅助育种。常见问题1、变异注释项？多态性在基因组中的区域注释基因区：编码区、外显子、内含子……重复区：转座、简单重复……非编码RNA基因间区位于编码区SNP的同义与非同义突变多态性位点位于基因区的基因注释2、插入片段检测内容？插入片段检测个体测序深度大于20X；外源插入片段检测；外源插入拷贝数检测;

2016 - 10 - 27
Small RNA测序

Small RNA是生命活动重要的调控因子，短小的序列长度（如microRNA一般在18-30nt之间）;种类繁多， siRNA（小干扰RNA ）， microRNA（微小RNA），还有其他一些种类的小RNA，如piRNA（蛋白互作小RNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等种类；几乎存在于所有的生物体中；在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等过程中发挥着重要作用。

2016 - 10 - 28
泛基因组测序

泛基因组包括核心基因组 (Core genome) 和非必须基因组 (Dispensable genome)。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与样本对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了样本的特性。

2016 - 10 - 27
全基因组de nove测序

De novo 测序也叫基因组从头测序，不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。通过对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某个物种，对其不同长度基因组DNA片段及其文库进行序列测定，用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。目前广泛应用于从头解析未知物种的基因组序列、基因组成、进化特点等。

2016 - 10 - 27
全基因组survey

技术介绍De novo 测序也叫基因组从头测序，不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。通过对基因组序列未知或没有近源物种基因组信息的某个物种，对其不同长度基因组DNA片段及其文库进行序列测定，用生物信息学的分析方法对序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。目前广泛应用于从头解析未知物种的基因组序列、基因组成、进化特点等。测序平台及策略：Hiseq PE150基因组覆盖度 95%;基因区覆盖度 98%;单碱基错误率简单基因组：简单基因组测序深度不低于120×;Contig N50 ≥ 30 Kb; scaffold N50 ≥ 500 Kb;复杂基因组：复杂基因组测序深度不低于160×;Contig N50 ≥ 20 Kb; scaffold N50 ≥ 300 Kb;项目周期：8个月左右技术路线：分析内容：高级信息分析1）完成光学图谱整合：光学图谱数据组装；利用光学图谱进行组装纠错；光学图谱和组装图谱整合为高精度精细图谱；2）完成染色体构建：SLAF测序标记开发；遗传图谱构建；利用遗传图谱完成染色体构建；3）全基因组精细注释：基因组组分分析；编码基因预测；重复序列注释；Non-coding RNA注释；假基因（Pseudogene）注释；4）基因功能注释：Nt注释分析；Nr注释分析；KEGG代谢通路分析；COG分析；GO注释（Gene Ontology）；TrEMBL注释分析；调控Motif预测；5）比较基因组和进化分析：全基因组注释全图（有图谱数据）；基因家族鉴定；基因家族扩张收缩分析；构建物种系统发育树；估算物种分化时间（需要化石标定）；基因组共线性分析（需提供最近缘的物种序列）；全基因组复制分析；选择压力分析（需提供最近缘的物种序列）；LTR形成时间估算；案例分析Genome and transcriptome of the regeneration competent flatworm, Macrostomum lignanoPANS，IF=9.423,2015.10扁形虫基因组组装研究背景：Macrostomum lignano因为其身体具有极强的自愈能力是研究干细胞再生及分化的重要模式物种（图1）。研究材料：一个M. lignano近亲繁殖 35代的DV1系研究方法及测序策略：纯三代20K文库测序...

2016 - 10 - 27

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